Ergeben sich diese Hinweise so müssen weitergehende Untersuchungen durchgeführt werden. Bei Hinweisen auf eine bakterielle Gesundheitsgefährdung wird das Schlachttier vorläufig beschlagnahmt und Proben für eine bakteriologische Untersuchung (BU) genommen. Im Rahmen dieser BU wird auch auf das Vorhandensein von Hemmstoffen, die das Bakterienwachstum hemmen (z.B. Antibiotika), getestet. Liegen Hinweise für eine Applikation pharmakologisch wirksamer Stoffe vor (z.B. Injektionsstellen), so wird das Schlachttier auch vorläufig beschlagnahmt und weitergehende Rückstandsuntersuchungen veranlasst. Dabei geht bei diesen Proben die Gesundheitsgefährdung nicht von den Arzneimittelrückständen selbst aus, sondern durch die Resistenzbildung und der Hemmwirkung dieser Rückstände. In der BU sind pathogene Keime nicht mehr nachweisbar. Rückstände pharmakologisch wirksamer Stoffe werden auch mit chemischen Untersuchungsmethoden untersucht. Die Ursachen, die Probennahme, das Vorgehen bei der Untersuchung, die Beurteilung und die Maßnahmen bei Rückständen pharmakologisch wirksamer Stoffe sind grundsätzlich anders als bei den Kontaminanten wie z.B. Pflanzenschutzmittel oder Dioxine. Viele Kontaminanten sind ubiquitär verbreitet (z.B. Dioxine und PCBs), so dass nur in sehr seltenen Fällen bei Befunden mit auffällig erhöhten Konzentrationen die Quelle und ein Verursacher festgestellt werden kann. Bei den meisten phar-makologisch wirksamen Stoffen handelt es sich um Arzneimittel mit sehr kurzen Ausscheidungszeiten, die den Tieren bewusst kurz vor der Lebensmittelgewinnung verabreicht wurden. Deshalb werden diese Proben auch nicht nach statistischen Vorgaben sondern zielorientiert genommen und risikoorientiert auf die relevanten Rückstände untersucht. Bei positiven Befunden erfolgt eine sofortige Meldung an die zuständige untere Verwaltungsbehörde (UVB) und an die Stabsstelle Ernährungsicherheit in Tübingen (SES). Diese ermitteln dann in den Betrieben, ob ein Verstoß gegen das Lebens-, Arznei- oder Futtermittel- oder eventuell sogar gegen das Tierschutzgesetz vorliegt und treffen danach die Maßnahmen, von einer Verwarnung über eine Betriebssperre bis hin zu einer Anzeige bei der Staatsanwaltschaft.
Im CVUA Karlsruhe wurden Proben von 22 Injektionsstellen, 17 bakteriologischen Fleischuntersuchungen und 28 positiven Hemmstoff-Untersuchungen auf pharmakologisch wirksame Rückstände untersucht. Mit 16 positiven Ergebnissen wurde Penicillin am häufigsten nachgewiesen. Aus der Gruppe der Tetracycline konnte in elf Proben Tetracyclin, in fünf Proben Oxytetracyclin und in drei Proben Chlortetracyclin als Rückstand bestimmt werden. In je zwei Proben konnte Enrofloxacin und Gentamycin und in je einer Probe Florfenicol und das Cephalosporin Cefquinom nachgewiesen werden. 17 dieser positiven Befunde führten zu Beanstandungen, die zu weiteren Ermittlungen den unteren Verwaltungsbehörden und der SES gemeldet wurden.
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